Der Begriff „permanent agriculture“ wurde bereits 1911 von dem amerikanischen Agrarwissenschaftler Franklin Hiram King verwendet, um die nachhaltigen landwirtschaftlichen Systeme in China, Korea und Japan zu beschreiben. Doch richtg begonnen hat die Entwicklung der Permakultur erst in den 1970er Jahren. Damals legten die Australier Bill Mollison und David Holmgren den Grundstein für die heutige Permakultur.
Sie erkannten die Destruktivität des vorherrschenden industriellen Agrarsystems und entwickelten einen Gegenentwurf, der sich vor allem durch Nachhaltigkeit und Effizienz auszeichnet. Sie wurden bei ihren Überlegungen vor allem auch vom Biolandbau inspiriert, der in Europa zu dieser Zeit bereits recht bekannt war.
1978 veröffentlichte Bill Mollison sein erstes Buch „Permaculture One“, in dem er den neuen Denkansatz der Permakultur beschreibt. Im Jahr 1981 wurde er für die Erforschung und Beschreibung des Konzeptes der naturnahen Landwirtschaft mit dem alternativen Nobelpreis ausgezeichnet.
Mollison und Holmgren erprobten ihre Designprinzipien anhand von Hunderten Projekten. Dabei wurden ihnen schnell bewusst, dass auch soziale Aspekte in die Planung mit einbezogen werden müssen. So wurde aus der Permakultur ein ganzheitlicher Denkansatz zur Planung und zur Gestaltung von sozialen Siedlungsräumen.
Später wurde der Permakultur Ansatz durch die integrativen Denkansätze und Erkenntnisse aus Systemtheorie, Kybernetik und Tiefenökologie erweitert. Anstatt nur die einzelnen Bestandteile eines Systems zu beobachten, werden immer auch die Wechselwirkungen zwischen den Elementen eines Systems in die Beobachtung und in die Planung miteinbezogen. Dieser ganzheitliche Denkansatz geht davon aus, dass ein Element nie als getrennt vom gesamten System betrachtet werden kann, weil die Wechselwirkungen zwischen Element und System ein wichtiger Bestandteil des einzelnen Elementes sind. Die Aufmerksamkeit richtet sich also nicht nur auf die Bestandteile eines Systems, sondern vor allem auch auf die Beziehungen zwischen diesen.
Heute ist die Permakultur eine internationale Bewegung für Raumplanung und Design. Die Permakultur Prinzipien werden auch für die Bereiche Energieversorgung, Landschaftsplanung und für die Gestaltung sozialer Infrastrukturen verwendet.